傳統的加熱方式外部加熱的溫度要高于內部的汽化溫度造成了熱量的損失木材的內部也不容易干燥徹底。另外微波加熱時是由內而外進行的這種加熱特性幾乎不受材料厚度的影響，應用于木材中則是令整個木材整體受熱蒸發效率高效果還很不錯;另一方面微波作用于木材可以改變木材的內部結構提高了木材的滲透性和擴散性。其干燥速度遠高于其他方式。

同樣是因為能使木材整體受熱蒸發所以使用微波進行干燥能有效地清除木材內應力木材干燥均勻的同時不會改變木材材色。另外由于微波具有獨特的生物效應微波干燥可以在較低溫度下更徹底殺滅各種蟲菌避免了常規干燥由于溫度低濕度大而引起的生菌長霉現象。

常規干燥中設備預熱輻射熱損失和高溫介質熱消耗的大部分能耗。而構成微波干燥設備的金屬材料極少吸收微波因而其熱損失較少。另外微波加熱是內部“體熱源”不需要高溫介質來傳熱形成了微波能量利用高效率的特點。