微波真空干燥設備可促使爐腔內的極性分子由雜亂無章非極性狀態變成有序排列狀態，這種極性分子會隨著微波源電場方向的反復變動而變動。在頻繁的擺動中極性分子會因為摩擦而產生大量的熱量，但是具體為這些極性分子設定多高的干燥溫度，則需要根據物料的實際干燥狀態進行判定。

微波真空干燥設備在啟動系統功能的瞬間，便可將微波能迅速轉化為熱能，并且還可將物料中的濕分轉變為蒸汽。但是由于不同的微波真空干燥設備擁有不同的工藝要求，因此在加熱化學物品或者食品需要根據不同干燥物品的要求設定輸送速度。

不同類別的微波真空干燥設備擁有不同的輸送功能以及不同的容積量，因此用戶在使用時需要根據微波真空干燥設備的容積量設定加料量。箱體內的物料若是干燥速度較快且占用容積較小，那么則可以適當增加加料量。